Presidencia y oposición

Después de 23 años en el exilio, Juan Bosch regresó a su país cuando Trujillo fue asesinado el 30 de mayo de 1961. Su presencia en la vida política nacional, como el candidato presidencial del Partido Revolucionario Dominicano, fue un nuevo cambio para los dominicanos. Su manera de hablar, directa y sencilla, sobre todo al dirigirse a las capas mas bajas de la población, tanto rurales como urbanas, le permitió desarrollar una profunda influencia y simpatías populares. Inmediatamente fue acusado por la Iglesia y los conservadores de ser comunista, pero en las elecciones del 20 de diciembre de 1962, Bosch obtuvo un triunfo total sobre su principal opositor Viriato Fiallo de la Unión Cívica Nacional, lo que se conoce como las primeras elecciones libres en la historia del país.

El 27 de febrero de 1963, Bosch y Segundo Armando González Tamayo tomaron posesión como nuevo Presidente y Vicepresidente de la República Dominicana, en una ceremonia que contó con la participación de importantes líderes democráticos y personalidades, como Luis Muñoz Marín y José Figueres. Bosch hizo inmediatamente una profunda reestructuración del país. El 29 de abril, se promulgó una nueva constitución liberal. El nuevo documento concedía la libertad que los dominicanos nunca habían conocido. Entre otras cosas, declaró los derechos laborales, y mencionó los sindicatos, las mujeres embarazadas, las personas sin hogar, la familia, los derechos del niño y los jóvenes, los agricultores, y los hijos ilegítimos.

Sin embargo, Bosch se enfrentó a poderosos opositores. Se trasladó a romper latifundios, provocando la ira de los terratenientes. La Iglesia Católica Romana creyó que Bosch estaba tratando de secularizar el país. A los industriales no le gustaba los beneficios que la nueva Constitución le otorgaba la clase obrera. Los militares, que antes disfrutaban de la libertad de hacer lo que quisieran, sintieron que Bosch los sometía. Además, el gobierno de los Estados Unidos se mostró escéptico ante el menor indicio de la política de izquierda en el Caribe después de que Fidel Castro se declarara abiertamente comunista.

Bosch Ordenó la militarización de la frontera con Haití tras el cerco de la Embajada Dominicana en Puerto Príncipe por parte de policías haitianos que exigían la entrega de asilados políticos.

Incidente con Duvalier

19 de abril de 1963 se descubre en Haití una conjura militar contra François Duvalier, encabezada por el teniente François Benoit. En el acto fallido fue asesinado el sargento Paulin Montrouis, chofer de los hijos de Duvalier, el caporal Morille Mirville, el sargento Luc Azor, y un miembro del Voluntariado de la Seguridad Nacional (Tonton Macoute), Richemond Poteau. Sus hijos resultaron ilesos, Duvalier reaccionó violentamente. La policía haitiana fue en busca de Francois Benoit, principal sospechoso del atentado. Los Tonton Macoute entraron a su residencia, y al no encontrar a Benoit, asesinaron a su padre, Joseph Benoit, a su madre, a un visitante y a las tres empleadas domésticas.

Al sospechar los Tonton Macoute que Benoit estaba escondido en la embajada dominicana, rodean la casa del embajador dominicano exigiendo la entrega del militar, pero la abandonó cuando el presidente Juan Bosch amenazó con mandar a las fuerzas armadas contra ellos.

En una alocución por radio y televisión, el presidente Bosch afirmo "El pueblo dominicano sabe ya que al embajada y la cancillería de nuestro país han sido violadas por la policía haitiana, esa acción es una bofetada en la cara de la República Dominicana, una afrenta que nosotros no estamos dispuestos a pasar por alto. Hemos sufrido con gran paciencia los ultrajos del gobierno haitiano, pero esos ultrajos tienen que terminar ya de manera terminante. Si no terminan en un plazo de 24 horas, le pondremos punto final con los medios que se hallan en nuestro alcance". Sin embargo, como los comandantes de la fuerzas armadas dominicana expresaron poco apoyo sobre una invasión a Haití, Bosch se abstuvo en su idea de invasión y se conformó con una mediación de la OEA.

Golpe de Estado

El 25 de septiembre de 1963, después de sólo siete meses en el cargo, Bosch fue derrocado en un golpe de estado encabezado por el coronel Elías Wessin y Wessin y sustituido por una junta militar de tres hombres. Bosch volvió a exiliarse en Puerto Rico.

A menos de dos años, un descontento creciente generó otra rebelión militar el 24 de abril de 1965, que exigía la restauración de Bosch. Los insurgentes, al mando del coronel Francisco Caamaño, eliminado de la junta de militar, pero el 28 de abril, con la ayuda de los Estados Unidos en la guerra civil enviando 42.000 tropas a la isla.

Se formó un gobierno interino, y nuevas elecciones fueron fijadas para el 1 de julio 1966. Bosch regresó al país y se lanzó como candidato presidencial de su partido. Sin embargo, hizo una campaña algo menos intensa, temiendo por su seguridad y creyendo que sería expulsado de su cargo por el ejército otra vez si ganase. Fue derrotado por Joaquín Balaguer, quien obtuvo el 57% de los votos.